Schwerpunkt und Leidenschaft von Dr. Michael Häfner ist die interventionelle Endoskopie. Zu seinen Spezialitäten gehören die Endoskopisch Retrograde Cholangiopankreatikoskopie (ERCP) zu Behandlung von Erkrankungen der Gallenwege und der Bauchspeicheldrüse.
Weiters umfasst sein Könne die endoskopische Entfernung von Frühkarzinomen mittels neuer Techniken wie der endoskopischen Submukosadissektion (ESD).
Dr. Häfner beherrscht alle wesentlichen Interventionen in der gastrointestinalen Endoskopie.
Der wissenschaftliche Schwerpunkt (mehr als 60 Publikationen) liegt auf der computerunterstützten Entdeckung von Veränderungen im Verdauungstrakt z.B. mit künstlicher Intelligenz.